转基因动物/基因敲除动物与体内转染的比较
| 转基因动物/基因敲除动物 | 体内转染 | |
| 目标 | 外源基因导入动物或者将特定动物基因失活 | 外源基因导入动物或者将特定动物基因失活 |
| 目标部位 | 全身 | 可全身，可任意局部 |
| 大致过程 | DNA克隆，(或ES细胞基因打靶和中靶克隆的筛选)，动物受精卵的收集，显微注射，妊娠动物移植，导入基因的鉴定，敲除动物还需要由嵌合体到杂合子，和再到纯合子动物制备，需要专业公司和专业技术人员。 | 只需要克隆的DNA或者合成的RNA和体内转染试剂简单混合注射，普通实验员即可操作。 |
| 核酸 | 必须克隆到特定的载体上，条件要求非常高 | 普通细胞实验的核酸就可以用 |
| 周期 | 最少4-9月 | 有核酸可以马上开展 |
| 动物数量 | 数量很少，不能充分深入实验 | 可以采用任意品种和数量 |
| 动物养殖条件 | 非常高，非常担心动物意外死亡 | 普通动物房 |
| 重复实验 | 不能大规模实验，每次制备的动物有差异，结果可能有统计学以及实验对象差异 | 可任意大规模实验，各实验室可以用同样的动物，实验重复性好 |
| 实验扩展 | 无法更改核酸序列 | 可以根据实验进程随时更改核酸，随时延展实验 |
| 费用 | 转基因小鼠约2.5-3万/3只，基因敲除品系小鼠约5万/3只 | 只需要约200-600元/只小鼠 |
| 失败 | 常有 | 很少 |